El llac de l'Albufera és un dels ecosistemes més valuosos de tot el conjunt del Parc Natural. Les seues aigües atrauen a innumerables aus que trien l'Albufera com a lloc d'alimentació, descans i cria. No obstant això, l'estat ecològic del llac està lluny del de fa a penes unes dècades. En els anys 60, abans del desenvolupament urbanístic de l'àrea metropolitana de València, les seues aigües eren transparents (els pescadors bevien, en alguns punts que bé coneixien, directament del llac!), plantes aquàtiques dibuixaven el seu fons i multitud d'espècies diferents de peixos nadaven a gust. Les rates d'aigua i les llúdries, molt exigents amb la neteja dels seus hàbitats, trobaven en l'Albufera un lloc ideal per a viure. La transformació agrària de l'entorn del llac havia canviat la seua naturalesa de mareny salobre a un el verger de biodiversitat ple de neta aigua dolça.
Hui en dia, si bé el llac continua sent un gran focus de biodiversitat, les seues aigües seguixen sense ser transparents, només unes poques espècies de peixos, molt resistents a la supervivència en aigües térboles, persistixen en el llac, i poques plantes aquàtiques aguanten les condicions de Glossary Link eutrofizació : Acumulació de substàncies i residus orgànics en les aigües de llacs, embassaments i mars, que provoca la proliferació excessiva i perjudicial de certes algues.
En ecologia el terme eutrofització designa l'enriquiment en nutrients d'un ecosistema. L'ús més estés es referix específicament a l'aportació més o menys massiu de nutrients inorgànics en un ecosistema aquàtic. Eutrofitzat és aquell ecosistema o ambient caracteritzat per una abundància anormalment alta de nutrients. fruit de l'alta concentració de matèria orgànica en l'aigua.
En els últims anys les administracions estan realitzant esforços de cara a la millora dels sistemes de sanejament per a depurar els efluents abans que arriben al llac.
L'assignatura pendent: Garantir a l'Albufera un cabal ecològic d'aigua en QUANTITAT i QUALITAT suficient per a tornar-li el bon estat ecològic del que va gaudir fins als anys 60.