Al desaparecer las praderías también desaparece su efecto protector, modificándose radicalmente el régimen sedimentario e hidrodinámico en el lago, pasando de una situación en la que imperaban condiciones de sedimentación positiva en el entorno de las matas (islas de vegetación y comunidades vegetales de las orillas favorecedoras de su expansión, a la actual, en la que La Albufera se encuentra dominada por fenómenos erosivos. Las olas empujadas por el viento, sin ninguna traba que disperse su energía y frene su movimiento, rompen con toda su fuerza contra las orillas, removiendo los finos sedimentos del lago, alterando los perfiles suaves, desenraizando la vegetación y socavando las Glossary Link matasMatas: Orillas e islas del lago de l'Albufera formadas por vegetación semisumergida propia de agua dulce. , que se disgregan con gran rapidez. Un estudio de 1997 concluyó que, entre 1973 y 1994, la superficie total de las matas del lago de l’Albufera se había reducido en un 20%.
Aunque las albuferas son sistemas que evolucionan de forma natural hacia su colmatación, la velocidad a la que este proceso se produce puede verse alterada sustancialmente, tanto en sentido positivo como negativo, por la intervención humana.
En el caso de L’Albufera de Valencia, la conclusión de todas las infraestructuras de saneamiento planeadas, la realización periódica de campañas localizadas de dragado y, fundamentalmente, el aumento de las aportaciones de agua en cantidad y especialmente en calidad, representan las claves para recuperar su buen estado ecológico y garantizar la conservación a largo plazo de tan singular ecosistema.