Hasta principios de la década de 1960 el lago, aunque muy reducido y sometido a un régimen artificializado, presenta una extraordinaria calidad en sus aguas que sustentan una rica y variada flora y fauna acuáticas.
Es con la construcción, en los años 50, de los sistemas de alcantarillado en las poblaciones ribereñas y con el enorme auge que experimenta el sector industrial en el área metropolitana de Valencia y otras áreas de la cuenca de La Albufera, cuando ésta empieza a recibir grandes volúmenes de aguas fecales urbanas y residuales industriales, que causan una crisis de contaminación sin precedentes, derivándose la pérdida de gran parte de las poblaciones naturales ligadas al medio acuático del lago y, consecuentemente, el empobrecimiento general del ecosistema.
En pocos años el lago evoluciona rápidamente hacia un estado de máxima eutrofia, que se traduce en una desmesurada proliferación de la biomasa fitoplanctónica, constituida casi exclusivamente por cianobacterias (también llamadas algas verde-azuladas; son estos microorganismos los que confieren el característico color verdoso a las aguas del lago) y en un gran aumento de la turbidez, que limitan el paso de la luz a unos pocos centímetros más allá de la superficie.
En estas condiciones, las praderías de macrófitos acuáticos, sin posibilidades de captar la radiación solar que necesitan para llevar a cabo la fotosíntesis y germinar, y afectadas también por los productos fitosanitarios cuyo uso en la agricultura se generaliza en el área en esta época, entran en regresión, desapareciendo totalmente del lago en la primeros años de la década de 1970.
¿Qué es un lago hiper-eutrofizado? El fitoplancton está constituido predominantemente por organismos vegetales, como ciertas algas microscópicas. Conjunto de los organismos acuáticos del plancton, que tienen capacidad fotosintética y que viven dispersos en el agua. El nombre proviene de los términos griegos, φύτον (phyton, "planta") and πλαγκτος ("plánktos", "vagabundo" o "el que va dando tumbos").
La explosión en el crecimiento de estas micro-algas que dan el color verduzco al agua, debido a la carga de materia orgánica en el agua urbana y agrícola hace aumentar el pH, provoca la transformación del nitrógeno presente en el agua en compuestos amoniacales tóxicos para los peces más delicados. El fitoplancton hace la fotosíntesis por lo que produce materia orgánica y respira oxígeno por la noche. La saturación de fitoplancton deriva en alta producción de sulfhídrico (por descomposición de tanta materia orgánica) y bajones nocturnos en la concentración de oxígeno, creando condiciones de fuerte anoxia (Falta de oxígeno necesaria para muchos organismos acuáticos que necesitan respirar y haciendo aún más tóxicos los compuestos amoniacales formados).
El zooplancton (plancton constituido por organismos animales, como los crustáceos) queda desplazado abrumadoramente por el fitoplancton, liberando a este último de su mayor "depredador". Por último, el exceso de fitoplancton aumenta la turbidez del agua e impide que la luz llegue al fondo del lago, imposibilitando la supervivencia de las plantas acuáticas superiores que frenaban el efecto erosivo del oleaje contra la vegetación de islas y orillas.
Las consecuencias de esta pérdida sobre el ecosistema lacustre son enormes. Por un lado, la diversidad biológica del lago cae en picado. La gran mayoría de los invertebrados asociados a la vegetación acuática desaparecen con ésta, y con ellos los organismos superiores a los que mantenían, que se reducen a un mínimo de especies en el caso de los peces, o se ven obligados a buscar nuevos lugares de alimentación, como ocurre con anátidas y fochas, cuyas poblaciones en la zona disminuyen drásticamente.
Especies de gran valor como las gambetes (Atyaephyradesmaresti, Dugastella valentina y Palaemoneteszariquieyi), el petxinot (Unioelongatus), peces ciprinodóntidos endémicos (fartet –Aphaniusiberus- y samaruc – Valencia hispanica-), la lubina ó llobarro (Dicentrarchuslabrax) y la anguila (Anguilla anguilla) dejaron de verse por el lago o son mucho más raras de encontrar.
En los últimos años, la entrada en funcionamiento de plantas depuradoras y colectores ha mejorado la calidad del agua, pero aún queda camino por andar.