Para el complejo sistema vivo de l'Albufera el agua es, como en todos los humedales, el elemento clave e imprescindible. El lago necesita un caudal suficiente para mantener a todos sus organismos. Sin embargo, cada vez llega menos agua de calidad a l'Albufera, lo que compromete su conservación.
El agua que llega a l'Albufera tiene diferentes orígenes:
Retornos de riego: sobrantes de los utilizados en los campos de cultivo que, desde los ríos Júcar y Turia, pasan por éstos hasta llegar al lago. Estas aguas se mezclan con aportes que provienen de núcleos urbanos y polígonos industriales. Durante las épocas de cultivo de arroz, la calidad del agua mejora considerablemente gracias al efecto de "lagunaje" o filtro verde que desempeña el arrozal.
Descargas de aguas subterráneas del acuífero procedentes del ciclo natural: estas surgencias de agua de gran calidad o “ Glossary Link ullalsUllals: Manantiales de agua dulce subterránea que se localizan en el marjal y en el fondo del lago de l'Albufera. Hoy en día, constituyen un reducto de la flora y fauna que existió en l'Albufera. ” han disminuido considerablemente en la laguna. Aún se mantienen algunas de estas surgencias o "ullals" entre los arrozales.
Aportes superficiales de escorrentía natural (agua de lluvia), procedentes de unas cuencas fuertemente urbanizadas o en proceso de urbanización: Las crecidas por lluvias en los barrancos tributarios arrastran una gran cantidad de sedimentos antrópicos y materiales erosionados.
Efluentes de origen urbano o industrial y efluentes tratados en las estaciones depuradoras de aguas residuales.
La entrada más importante de agua es la procedente del río Júcar (en calidad y preponderancia) junto con los retornos procedentes del río Turia. Históricamente suponían más del 85% de todas las entradas al sistema. En los últimos años estos aportes se han reducido drásticamente. Estudios de los años 2003 y 2004 revelan una reducción superior al 75% de las aportaciones del Júcar al humedal desde 1980 hasta hoy.