La desaparición de las plantas acuáticas sumergidas, que colonizaban toda la laguna, supone el primer paso de la degradación de este ecosistema, al que ha seguido la erosión de las islas de vegetación acuática emergente o matas (refugio de muchas aves), la saturación de la cubeta por lodos, la reducción de especies de peces y otros animales… resistiendo solo comunidades poco exigentes, en detrimento de las especies que precisan de ambientes mejor conservados. L’Albufera de los años 60 queda muy lejos del estado ecológico que se puede ver hoy en día.
Como consecuencia de la degradación de hábitats se perdieron las praderas de macrófitos acuáticos, los peces exóticos han desplazado a gran parte los autóctonos, las aves más tolerantes ocupan los nichos ecológicos que deberían disfrutar un número muy superior de especies.
Son muchas las aves que dependen de sus desplazamientos anuales, en busca de climas más benignos, para su supervivencia. Los humedales suponen imprescindibles paradas en estas rutas migratorias. De aquellos humedales costeros que hace menos de un siglo salpicaban toda la costa del mediterráneo español, hoy solo quedan unos pocos y en estado de gran vulnerabilidad. Esta reducción y degradación de estas “estaciones de servicio” en las autovías del aire, pone muy difíciles las cosas a las aves migratorias y compromete seriamente su conservación.